В 1922 году большевики провели правительственную кампанию изъятия церковных ценностей, во время которой под предлогом помощи голодающим Поволжья реквизировали драгоценные камни и металлы из храмов и монастырей Православной Российской Церкви. Кампания имела две цели: во-первых, ограбить и во-вторых, разгромить Церковь. Грабёж осуществлялся в процессе сбора средств на дело мировой революции и правительственные нужды, а разгром Церкви производился через расстрел духовенства и церковный раскол. Судебные процессы по делу о сопротивлении изъятию ценностей прошли по всей стране.
Из огромного числа этих судов неправедных история запомнила два: Московский и Петроградский. К петроградскому процессу было привлечено 87 человек: 28 из них были оправданы, 49 получили от 7 дней до 5 лет. Расстреляны были четверо: митрополит Вениамин, архимандрит Сергий (Шеин), профессор права Юрий Петрович Новицкий и адвокат Иван Михайлович Ковшаров.
Прибывший в Петроград весной 1921 года архимандрит Сергий (Василий Павлович Шеин, 1870-1922), управляющий бывшего Троице-Сергиева Патриаршего подворья, был «весьма пассивным членом правления Общества приходов и буквально спал на собраниях». Тем не менее, членство в Обществе вменялось в вину отцу Сергию на Петроградском процессе. Вина его усугублялась отягчающими обстоятельствами — дворянским происхождением, высоким положением в дореволюционном обществе и высшим образованием:
Начиная с 1893 года молодой выпускник Училища правоведения Василий Шеин последовательно занимает ряд ответственных административных должностей. Он состоит помощником обер-секретаря в Правительствующем сенате, помощником статс-секретаря в Государственном совете, а в 1913 году от своей родной Тульской губернии избирается в члены Государственной Думы IV созыва.
Главной же его виной была всё возрастающая преданность Церкви: «1913 год — радеющий о благе Церкви мирянин и государственный деятель, 1917-й — мирянин, церковный администратор, секретарь Поместного Собора, 1920-й — монах и священник, 1922-й — мученик Христовой Церкви».
К своему сану и вообще к монашеству он относился с глубоким благоговением.
На допросе он отвечал с достоинством, но без малейшего намёка на высокомерие или презрение. Однако когда обвинитель попытался иронизировать над его саном, спросив: «Вы в миру были крупным помещиком, богатым человеком. Неужели вы приняли монашество по убеждению?», архимандрит Сергий возмутился: «Послушайте, Вы очевидно не понимаете, как оскорбителен Ваш вопрос. Я на него отвечать не буду».
И в своём последнем слове он говорил о монашестве, «нарисовал картину аскетической жизни монаха и указал на то, что, отрешившись от всех переживаний и треволнений внешнего мира, отдавши себя целиком религиозному созерцанию и молитве – он одной лишь слабой нитью остался привязан к сей жизни». Смертного приговора он нисколько не боялся: «Неужели же трибунал думает, что разрыв и этой последней нити может быть для меня страшен? Делайте своё дело. Я жалею вас и молюсь о вас».
Свои последние дни перед казнью о. Сергий провёл в полном спокойствии, чтении и молитве. Стараясь облегчить положение «смертника» своему сокамернику о. Михаилу Чельцову, который немало унывал и беспокоился, о. Сергий читал с ним акафист Иисусу Сладчайшему, служил с ним всенощную, обедницу, панихиду по покойной матери протоиерея и прочитал найденные в томике свт. Иоанна Златоуста слова утешения в «скорбях и несчастиях, посылаемых от Господа человеку: «… Знай, что Господь все это делает для тебя, и ты в конце концов от Господа не только получишь избавление от всех горестей, но и сторицей вознаграждение». О. Михаил вспоминал позднее:
«Впоследствии, уже в Доме предварительного заключения, сколько раз ни пытался я найти это место у Златоуста, так и не мог. Как будто оно куда-то из книги исчезло, или мы в те неповторяющиеся тяжелые минуты читали что-то, чего в книге не было. Тогда эти суждения Златоуста, видимо, ободрили о. Сергия, он прочитал их мне, и мы с ним на эту тему радостно побеседовали».
Восьмого июля смертникам приказали приготовиться к переезду в другую тюрьму, и священники исповедались друг другу. «Отец Сергий исповедался искренне, горячо и слезно. Это была его последняя земная исповедь», а по дороге на Шпалерную он шутил с конвоиром, угощая его клубникой и говоря, что «ягоды не отравлены, ибо мы и не думаем умирать». Расстреляли его через месяц после исповеди. Никто не знает, где он был казнён: до сих пор точно не известно, где именно были расстреляны четверо смертников Петроградского процесса, но большинство исследователей считает, что митрополит Вениамин, архимандрит Сергий, Юрий Петрович Новицкий и Иван Михайлович Ковшаров были расстреляны на станции Пороховые по Ириновской железной дороге.
